Актриса пользовалась огромной популярностью среди режиссеров, в 2003 году Пенелопа снимается в фильме ужасов «Готика», который в прокате собрал более 200 миллионов долларов, вместе со своей лучшей подругой [[Хайек, Сальма|Сальмой Хайек]], Пенелопа играет в комедийном боевике «Бандитки».
[[Файл:penel3.jpg|300px|thumb|right|Пенелопа с сыном Лео]]
В 2006 году в свет выходит картина «Возвращение», за которую Крус на кинофестивале в Каннах получает премию в номинации «Лучшая женская роль». В 2007 году актриса снимается в не менее успешных фильмах «Манолете» и «Спокойной ночи». И в дальнейшей карьере актрисы большинство фильмов с ее участием номинируются на премии «Оскара» и другие кинонаграды.